Каталог организаций на дле. Как реализовать?

ФО — категория, области и города — подкатегории.
Но лучше конечно использовать более вменяемые движки для этого, вам придётся создать ооочень много категорий и поддерживать такой сайт будет очень тяжело.

Как вариант - ставить для каждого региона свою копию на поддомен и уже области — категории, города — подкатегории.

1) кеш файл обрабатывается дольше чем БД таблица
2) поясню... БД была для того и разработана что бы быстро обрабатывать гигантские количества данных и формировать удобную выборку
3) для создания каталога такого типа достаточно создать отдельную таблицу с 4 полями
4) http://i.imgur.com/5Lbyk1f.png
5) четвёртое поле определяет порядок сортировке в списке

Не совсем.. открытие файла с большими данными тоже затруднительно .. так как открывая его он попадает весь в оперативную память.. и чем больше данных тем больше нагрузка

Но .. если это касается списка городов.. то тут можно обойтись и тхт файлом .. не будет проблем ..
проблема возникнете только тогда когда реально гигантские массивы
а ещё лучше хранить всё используя

        serialize
        unserialize

я ещё забыл упомянуть перебор массива большого содержания
представьте у вас 1000 записей и поиск или формирование селект меню надо сформировать с учётом выборки ... каждое поле будет создаваться пробегая каждый раз по массиву .. и того к примеру в 1-м ФО к примеру 10 городов (10 городов * 1000 записей массива = 10000 переборов ) и так каждый раз ...
то есть
БД запрос отсеивает-оставляет то что надо..
МАССИВ или ДРУГОЙ ТИП ХРАНЕНИЯ ( не БД ) перебирается весь ищя-находя что надо

и конечно же в этом меню использовать http://harvesthq.github.io/chosen/
и юзать для админки http://dbushell.github.io/Nestable/