Почему навигация появляется на уровне с новостями?

Можно отделить постраничную навигацию от основного контента и вывести её отдельным тегом в нужном месте.

А навигация вообще рабочая? Так полагаю что навигация прячиться в <div class="sh-footer">
<a href="#" class="sh-footer__more-btn">
<span class="icon-Scroll_Down"><span class="path1"></span><span class="path2"></span><span class="path3"></span><span class="path4"></span><span class="path5"></span></span>
<p>Больше постов</p>
</a>
</div>
Я в браузере переместил повыше к шапке но она неоткрывается вообще. Может нехватка стилей css или скрипта. Ведь обычно если даже так переносишь оно должно работать.
Да и футерная штука вверху, это непорядок )

По факту для дле это контент, по этому он и внутри.
Если стоит задача именно ленивая подгрузка по навигации или по кнопке, то лучше уж совсем скрыть длешную навигацию и поставить кнопку показать ещё.
Да и контент из sh-footer нужно вытащить в main.tpl

Видимо сам переносил навигацию и клепал шаблон? ) я посмотрел Fanbox может и не тот, но там куда больше обращений к скриптам и есть скрипт с active.js а у тебя другой и куда меньше к нему запросов.
Проще на виртуальном сервере снова скопировать код навигации и разобраться в нем. А то кажись гдето ты ошибся.
Уже плохо что навигация нетянется за новостью как в оригинале, это уже нехватка скрипта как минимум.

Твое выравнивание новостей полностью не работает. Или ты его не сделал, или конфликт в скриптах. Разбирайся, ибо без разбора всего шаблона твоей проблемы на глаз мало кто скажет как решить.