Как можно исправить url?

Приветствую. Яндекс удаляет страницы по типу http://сайт.online/zhivotnye/page/22/ и такие (от куда они взялись вообще, не понятно) http://сайт.online/index.php?do=cat&category=mashinki&cstart=2. Не понимаю как правильно убрать дубли и убрать страницы /index.php (не так давно переезжали, возможно /index.php появились из-за переезда).
.htacces выглядит так

DirectoryIndex index.php

RewriteEngine On
Options +FollowSymLinks
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^сайт.online
RewriteRule (.*) http://новый сайт.online/$1 [R=301,L]
RewriteRule ^page/([0-9]+)(/?)$ index.php?cstart=$1 [L]

# Редирект c www на без www
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.сайт.online
RewriteRule ^(.*)$ http://новый сайт.online/$1 [R=permanent,L]

# Редирект для главной (с /index.php,html на /)
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.html\ HTTP/
RewriteRule ^index\.html$ / [R=301,L]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ / [R=301,L]
и т.д

Робот так:
User-agent: *

Disallow: /engine/go.php

Disallow: /engine/download.php

Disallow: /user/

Disallow: /newposts/

Disallow: /statistics.html

Disallow: /*subaction=userinfo

Disallow: /*subaction=newposts

Disallow: /*do=lastcomments

Disallow: /*do=feedback

Disallow: /*do=register

Disallow: /*do=lostpassword

Disallow: /*do=addnews

Disallow: /*do=stats

Disallow: /*do=pm

Disallow: /print/

Disallow: /tags/

Disallow: /admin.php?mod=main

Disallow: /backup/

Disallow: /engine/

Disallow: /uploads/posts/

Disallow: /page/

Disallow: /xfsearch/

Disallow: /oauth.vk.com/

Host: http://сайт.online

Sitemap: http://сайт.online/sitemap.xml

ps: Обрабатывать неверные URL ЧПУ и Использовать отдельную страницу для 404 ошибки в настройках системы не включены

Буду благодарна за ответы))