Почему сайт выводит разные пути к Аватарам?

Возможно вы не производили "Перенести сайт на другой домен" когда-то, или у вас есть плагины нарушающую работу. Убедитесь какие данные в базе, а не то что выводит сайт.

Ведь скрипт для всех атрибутов src и srcset по сути должен вырезать часть домена.

$tpl->result['main'] = str_replace ( 'src="http://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].'/', 'src="/', $tpl->result['main'] );
$tpl->result['main'] = str_replace ( 'srcset="http://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].'/', 'srcset="/', $tpl->result['main'] );
$tpl->result['main'] = str_replace ( 'src="https://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].'/', 'src="/', $tpl->result['main'] );
$tpl->result['main'] = str_replace ( 'srcset="https://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].'/', 'srcset="/', $tpl->result['main'] );