В комментариях неверно выводится чекбокс. Как поправить?

Вот держите: Ссылка

Возможно незакрытый HTML тег какой-то, можно посмотреть в исходном коде браузера, обычно такие ошибки там выделяются красным цветом. Вот я специально для демонстрации добавлен тег "a" перед ссылкой логотипа, и браузер подсветил, что вторая ссылка получилась вложенной, то есть существует незакрытый тег.

Это смотрят в инструменте разработчика DevTools в консоле разработчика отображаются различные ошибки сценариев. А по нажатию на ссылку если devtools смог отловить ошибку до конкретного места в коде можно открыть окно с файлом и так же местом где это случилось.

DevTools стоит запускать предварительно, то есть сперва открыть инструмент разработчика затем обновить страницу и только после этого совершать действия, после смотреть что меняется в консоле.

Мне бы понять в каких файлах искать ошибку..явно дело в ошибке..раньше работало..где-то наковырял

Возможно ошибки в коде на какой-то странице. Или не правильно написан скрипт.

Ну да сейчас карты разложим и будем думать что у вас там. Ссылку на сайт напишите

В общем в шапке логотип ссылка при нажатии на который попадаем на главную сайта и сбоку строка поиска по сайту..больше ничего нет...и вот логотип без ссылки и на поиск не жмётся как картинка. В общем вся шапка стала как картинка и ссылки и вообще активности никакие не работают

Ну, да другое.

Andrey179,
https://new-dev.ru/105-citiesmod-modul-goroda.html